Cuộc nội chiến ác liệt giữa Bắc triều và Nam triều kéo dài hơn nửa thế kỷ với trên 38 lần giao tranh đã làm cho đời sống nhân dân vô cùng cực khổ. Nền kinh tế của hai bên đều suy kiệt, nông dân phải bỏ việc nông nghiệp cày cấy để đi vào cuộc chém giết của hai triều đại. Nghịch cảnh này theo miêu tả của Lê Quý Đôn trong Đại Việt thông sử thật là bi đát: "Năm 1591, khi Trịnh Tùng kéo quân ra Thăng Long đã "chém đầu hơn một vạn quân địch, máu chảy khắp nơi, thây chất thành non" hay "con sông Mã từ bến Ứng trở xuống, sông Lam từ bến Bổng trở xuống khói lửa ngất trời, bóng cờ ngợp đất; nhân dân cõng già, dắt trẻ, chạy trốn lưu ly, ngoài đường vang tiếng kêu khóc".
Năm 1592, Trịnh Tùng bắt và giết được Mạc Mậu Hợp và lấy lại kinh đô Thăng Long. Con cháu nhà Mạc đã chạy lên Cao Bằng, chiếm giữ vùng này làm căn cứ chống lại nhà Lê và tồn tại hơn 80 năm nữa. Trong 80 năm này, cuộc xung đột vẫn tiếp diễn và nhân dân vẫn chịu những hậu quả tai hại của chiến tranh. Đến năm 1677, lực lượng nhà Mạc mới thực sự bị tiêu diệt.